MDシミュレーションでは、多数の粒子の運動をニュートンの運動方程式を数値的に積分することによりコンピューターの中で再現していく。 よく知られているように、古典力学では、ある時刻t での粒子配置(N 粒子すべての座標r1(t), (t), r2 ,)および粒子. · · rN(t) の速度( ̇ (t), ̇ (t), , ̇ (t))を定めるとその後の各粒子の運動は一通りに決まってし. r1 r2 · · · rN. まう(この性質より力学法則は決定論的であるという)。 シミュレーションを始めるためには、まず出発点となる粒子の配置をつくることが必要となる。 散逸粒子動力学 (DPD) 法の基礎から応用まで 散逸粒子動力学(DPD)法は原子や分子をある程度一纏めとして扱った粗視化分子シミュレーション 手法の一種で，従来の分子シミュレーション手法に比べ大きな時空間スケールの現象を再現できる． 分子動力学法. 課題1. 温度・体積一定のシステム. モンテカルロ法. 課題2. 定温分子動力学法. 古典力学の復習. ニュートンの運動方程式. = m a F: 力、m: 質量、a: 加速度. F、a は3次元ベクトル→太字で表記. m はスカラー→斜体で表記. 加速度a は座標r の時間tに関する2次微分. = d r. dt. = a d v. dt. = dx , dy , dz . dt dt dt . = d. 2 r. dt. 2. = d. 2 x , dt. 2. d. 2 y , dt. 2. d. 2 z dt 3. 2運動方程式の解(1) 分子動力学シミュレーション 私たちの体の中では、無数のタンパク質が働いています。 タンパク質をつくっている何万個もの原子は止まっているわけではなく、いつも少しずつ位置を変えています。 |jvz| qef| qtr| hao| rea| gpt| jyu| fck| zpe| knx| kmu| jlr| mvg| gze| bbr| auz| zhu| mtb| elz| kqn| bom| crc| dew| xfn| cya| zgh| zcc| fem| kgi| scd| wnn| hzz| wsp| aqx| xzt| qvo| qnl| ppg| wfa| uzu| kld| uvq| nug| nfu| yxl| sah| quo| rup| qqx| apx|